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- 波罗提木叉僧祇戒本（一卷）
- 比丘尼僧祇律波罗提木叉戒经（一卷）
- 弥沙塞部五分律（三十卷）
- 五分戒本（一卷 亦云弥沙塞戒本）
- 五分比丘尼戒本（一卷）
- 弥沙塞羯磨本（一卷或作二卷）
- 十诵律 （五十八卷或作六十五卷）
- 十诵毗尼序（三卷）
- 十诵比丘戒本（一卷）
- 十诵比丘尼戒本（一卷）
- 大沙门百一羯磨法（一卷）
- 十诵羯磨比丘要用（一卷）
- 萨婆多毗尼毗婆沙（八卷）续（一卷 前有序）
- 萨婆多毗尼摩得勒伽（十卷）
- 根本说一切有部毗奈耶（五十卷）
- 根本说一切有部苾刍尼毗奈耶（二十卷 有御制序）
- 根本说一切有部毗奈耶杂事（四十卷）
- 根本说一切有部毗奈耶破僧事（二十卷）
- 根本说一切有部尼陀那（五卷）目得迦（五卷）
- 根本说一切有部百一羯磨（十卷）
- 根本说一切有部戒经（一卷）
- 根本说一切有部苾刍尼戒经（一卷）
- 根本说一切有部毗奈耶尼陀那目得迦摄颂杂事摄颂（一卷）
- 根本萨婆多部律摄（十四卷）
- 根本说一切有部毗奈耶颂（三卷）
- 苾刍习略法（一卷）
- 戒因缘经（十卷）
- 解脱戒本经（一卷 有僧昉序出迦叶毗部）
- 善见毗婆沙律（十八卷）
- 毗尼母经（八卷 亦名毗尼母论）
- 佛阿毗昙经（二卷）
- 舍利弗问经
- 优波离问经（一卷）
- 佛说目连所问经
- 犯戒罪轻重经
- 迦叶禁戒经
- 律二十二明了论（一卷）
- 大比丘三千威仪（二卷）
- 沙弥十戒法并威仪（一卷 前有序）
- 沙弥威仪
- 佛说沙弥十戒仪则经
- 沙弥尼戒经
- 沙弥尼离戒文
- 佛说优婆塞五戒相经（一卷）
- 佛说戒消灾经
- 佛说大爱道比丘尼经（二卷）
- 佛说苾刍五法经
- 佛说苾刍迦尸迦十法经
- 佛说五恐怖世经
- 佛说斋经
- 佛说目连问戒律中五百轻重事经（一卷）
- 十住毗婆沙论（十五卷 亦曰十生论）
- 十地经论（十二卷 前有序）
- 大方广佛华严经入法界品四十二字观
- 弥勒菩萨所问经论（七卷）
- 大宝积经论（四卷）
- 无量寿经优波提舍
- 宝髻经四法优波提舍（一卷）
- 转法轮经优波提舍
- 三具足经优波提舍（一卷）
- 佛地经论（七卷）
- 胜思惟梵天所问经论（三卷）
- 文殊师利菩萨问菩提经论（二卷 一名伽耶山顶经论）
- 略述金刚顶瑜伽分别圣位修证法门
- 大乐金刚不空真实三昧耶经般若波罗密多理趣释（二卷）
- 般若波罗密多理趣经大安乐不空三昧真实金刚菩萨等一十七圣大曼荼罗义述
- 瑜伽金刚顶经释字母品
- 仁王般若陀罗尼释
- 诸教决定名义论
- 圣佛母般若波罗密多九颂精义论
- 佛母般若波罗密多圆集要义论
- 金刚顶瑜伽中发阿耨多罗三藐三菩提心论（亦名瑜伽总持教门说菩提心观行修持仪）
- 事师法五十颂
- 大智度论（一百卷有僧睿序）
- 金刚般若波罗密经论（三卷 亦名金刚能断般若）
- 能断金刚般若波罗密多经论颂（七十七偈）
- 金刚般若波罗密经论（三卷）
- 能断金刚般若波罗密多经论释（三卷）
- 金刚般若波罗密经破取着不坏假名论（二卷）
- 妙法莲华经优波提舍（二卷）
- 妙法莲华经论优波提舍（二卷）
- 大般涅盘经论
- 涅盘经本有今无偈论
- 遗教经论（一卷）
- 大方广佛华严经疏（四十卷或作六十卷）
- 华严经随疏演义钞（六十卷或作九十卷）
- 大方广佛华严经疏钞（三十卷）
- 华严一乘教义分齐章（三卷或作四卷）
- 华严经指归（一卷）
- 华严经明法品内立三宝章（二卷）
- 大方广圆觉修多罗了义经略疏之钞（三十卷 前有宗密经序）
- 大方广圆觉修多罗了义经疏（四卷）
- 佛说阿弥陀经疏
- 佛说观无量寿佛经疏（一卷）
- 楞伽阿跋多罗宝经批注（四卷今作八卷）
- 维摩诘所说经注（六卷或作十卷 前有僧肇序）
- 维摩诘所说经疏（十卷）
- 维摩诘所说经疏记（六卷）
- 四教义（六卷）
- 金光明经玄义（二卷）
- 金光明经文句（六卷）
- 盂兰盆经疏（一卷）
- 首楞严经义海（三十卷 前有曾怀咸辉二序）
- 大佛顶首楞严经会解（二十卷）
- 请观音经疏（一卷）
- 金刚般若经疏（一卷）
- 金刚经疏论纂要（三卷）
- 释金刚经刊定记（七卷）
- 金刚般若波罗密多经批注（一卷 前有洪武御制序）
- 仁王护国般若经疏（五卷 前有晁说之序）
- 般若波罗密多心经略疏
- 般若波罗密多心经集注（一卷 前有御制序）
- 般若波罗密多心经批注（前有洪武御制序）
- 妙法莲华经玄义（二十卷 前有私记缘起）
- 妙法莲华经文句（二十卷）
- 观音玄义（二卷）
- 观音义疏（二卷）
- 妙法莲华经要解（并科二十卷 前有弘传序注并释及南序）
- 大般涅盘经玄义（二卷）
- 大般涅盘经疏（古十八卷或作二十六卷或作三十三卷）